Grisaia: Phantom Trigger se lleva a cabo después de la trilogía existente de Grisaia, y presenta un grupo completamente nuevo de heroínas, así como un nuevo protagonista.
Tras el incidente de Heath Oslo, la existencia de la organización antiterrorista estadounidense-japonesa CIRS se ha convertido en una cuestión de conocimiento público. CIRS ha sido reconstruido desde cero, y sus funciones más encubiertas se han convertido en una nueva agencia: SORD.
El objetivo de SORD es entrenar una nueva generación de operaciones para defender al país de futuras amenazas. Con ese fin, la organización ha establecido una serie de escuelas en todo el país. La Academia Mihama, más o menos dejada de girar después de su cierre abrupto, ha recibido un nuevo propósito como una de esas "escuelas de capacitación especializada".
Esta nueva encarnación de Academia Mihama  es el hogar de un grupo diverso de estudiantes, que todos los días trabajan para pulir sus habilidades inusuales, a veces en el trabajo. Hay un pistolero llamado Rena (apodo: "El perro rabioso"), un francotirador llamado Tohka, un experto en demoliciones llamado Chris, un espía llamado Murasaki y, finalmente, Haruto, su manipulador. Juntos forman una agencia llamada SORD. La escuela de capacitación especializada ahora confía a las niñas inadaptadas que lo atienden con armas de fuego y munición real en nombre de la defensa nacional.
Sin prestar atención a su propia seguridad, estos estudiantes se sumergen una y otra vez en peligrosas misiones extrajudiciales, todo por el bien del reino.
Grisaia no Rakuen - Sanctuary Fellows (Precuela)